背景概述
当2016年1月29日科技部发布新版《高新技术企业管理办法》（以下简称“新办法”）之际，我们已在当月的安永官方微信发布了相关税务资讯，概括叙述了新办法较之于2008年版《高新技术企业认定管理办法》（以下简称“旧办法”）的内容变化，其中包括认定条件、申请认定程序以及后续管理方面的变化。
近日，科技部在其官方网站上发布了国科发火[2016]195号文（以下简称“195号文”），公布了《高新技术企业认定管理工作指引》（以下简称“新指引或该指引”），该指引依据新办法而制定，对前述新办法中的相关规定如认定条件、程序、管理内容予以细化，并于2016年1月1日起实施。195号文除发布新指引外，还规定了新旧办法及指引衔接的过渡性政策安排。
主要内容
新指引从以下方面对高新技术企业的认定及管理做出了详细的规定：
七大认定条件
新办法列出高新技术企业应同时满足的七大条件，即对企业的成立时间、核心知识产权、主要产品或服务技术、科技人员、研究开发费用、高新技术产品或服务收入以及创新能力提出了要求。
企业在申请高新技术企业资格之前，应对照高新技术企业的认定条件进行自我评核，评估是否符合规定条件。而新指引对于上述条件进行了具体细化，对于企业和相关具体执行机关都提供了比较详细的判定具体标准，内容详见下表：
以下讨论新指引在新办法基础上对认定条件所作出的完善和细化，具体分为以下几个方面：
注册年限要求
对于企业申请认定时须注册成立一年以上的要求精确到天数，即需满足365个日历天数的要求
知识产权要求
新指引强调了认定高新技术企业的前提，即应具备知识产权，对于不具备知识产权的企业不能认定为高新技术企业。
相较于旧指引，新指引扩大了知识产权的范围，并对知识产权进行了分类。范围及分类详见下表：
分类的意义在于，在申请高新技术企业时，I类知识产权在有效期限内可以无限制使用，而II类知识产权则只能使用一次。较于旧办法和指引的“近三年内”的要求，对时效性的限制有所放松。从时效性限制改为次数限制,Ⅱ类知识产权依然可以使用三年（即高新技术企业资格的有效期内），而I类知识产权则以其本身的有效期作为限制。而以往，不管是什么知识产权，只可以用三年，所以，基本上是每次延期，都必须有新的知识产权出现。
同时，应注意的是，新指引明确知识产权有多个权属人时，只能由一个权属人在申请时使用。这一规定将使同一集团企业内的关联公司不能通过共享同一知识产权的方式分别申请高新技术企业资格。
科技人员要求
对科技人员界定限制放宽。较之于旧办法及指引，新办法及指引取消了对科技人员和研发人员的区分，取消了对科技人员学历限制，明确了科技人员和职工总数的统计范围。另外，新指引还提供了另一种鉴别方式，即除按是否签订劳动合同来鉴别之外，还可以以是否缴纳社会保险来鉴别，换句话就是可能还看实际的从属关系，不过这里会牵涉到企业怎样安排这些费用的支付，在没有雇佣关系的情况下，是否可以证明有关费用是由企业支付的。
研发费用归集要求
新指引对研发费用的归集进行了详细具体的规定，包括人员人工费用；直接投入费用；折旧费用及长期待摊费用；无形资产摊销费用；设计费用；装备调试费用与试验费用；委托外部研究开发费用和其他费用。上述归集的研发费用在较大程度上参考了财税[2015]119号文有关研发费用加计扣除的相关规定，但也有一定的差异，故提请拟申请高新技术企业资格的纳税人注意，不能完全将用于研发费加计扣除的研发费用作为申请高新技术企业资格的研发费用予以申报，应对照新指引中确定的研发费用进行归集。
企业如何进行注册登记？
企业在进行自我评估后，认为其符合认定条件的，登陆高新技术企业认定管理工作网9进行注册登记。
由何部门负责高新技术企业的认定工作？
省级科技部门同本级财政、税务部门组成本地区高新技术企业认定管理机构（以下简称“认定机构”）。当上述企业在网上注册登记后，认定机构确认激活，企业可以向认定机构申请并提供相应材料。
企业申请认定高新技术企业认定需要提交哪些资料？
企业申请认定高新技术企业，需以电子和书面形式向认定机构提交以下资料：
► 电子资料：
《高新技术企业认定申请书》：登录“高新技术企业认定管理工作网”，按要求填写《高新技术企业认定申请书》，通过网络系统提交至认定机构
► 书面材料：
《高新技术企业认定申请书》（在线打印并签名、加盖企业公章）；
《营业执照》等相关注册登记证件的复印件
知识产权相关材料（知识产权证书及反映技术水平的证明材料、参与制定标准情况等）、科研项目立项证明（已验收或结题项目需附验收或结题报告）、科技成果转化（总体情况与转化形式、应用成效的逐项说明）、研究开发组织管理（总体情况与四项指标符合情况的具体说明）等相关材料；
企业高新技术产品（服务）的关键技术和技术指标的具体说明，相关的生产批文、认证认可和资质证书、产品质量检验报告等材料；
企业职工和科技人员情况说明材料，包括在职、兼职和临时聘用人员人数、人员学历结构、科技人员名单及其工作岗位等；
经具有资质并符合新指引相关条件的中介机构出具的企业近三个会计年度（实际年限不足三年的按实际经营年限）研究开发费用、近一个会计年度高新技术产品（服务）收入专项审计或鉴证报告，并附研究开发活动说明材料；
经具有资质的中介机构鉴证的企业近三个会计年度的财务会计报告（包括会计报表、会计报表附注和财务情况说明书）；
近三个会计年度企业所得税年度纳税申报表（包括主表及附表）。
新指引还特别提到，对涉密企业，须将申请认定高新技术企业的申报材料做解密处理，确保涉密信息安全。
专家如何评审高新技术企业？
认定机构在收到上述企业申请资料后，则进入专家评审程序，随机抽取专家组成专家组，专家组由技术专家和财务专家组成（技术专家不少于60%，至少有1名财务专家），且每个企业的评审专家不少于5人。
专家针对上述认定条件进行一一评核，对于除创新能力以外的要求，基本根据审核企业提交的资料，以是或否的形式评价。而对于四项创新能力指标评价，则采取评分制，满分为100分，综合得分达到70分以上（不含70分）为符合认定要求。换而言之，如果分数小于或等于70分，则不能被认定为高新技术企业。四项指标分值比重及具体评测依据详见下表：
由上述评价权重可知，不出所料，知识产权与科技成果转化能力分别占创新能力总评分比重的30%，这说明高新技术企业的评价更侧重于这二者的评估，并与旧指引所规定的权重一致。但是，在旧指引的基础上，新指引完善了认定的办法，例如，对于大家较为关注的知识产权问题，旧的指引主要考虑拥有核心自主知识产权的数量，并以此来评分，但是新指引更为完善和细化，将知识产权进行分类，对于发明专利等I类知识产权，即使拥有数量很少，也可以获得较高的评分。除了考虑知识产权的类别和数量，技术的先进程度、对主要产品（服务）在技术上发挥核心作用也是专家评审知识产权时所着重考虑的指标，另外，还将知识产权的获得方式以及企业是否参与编制国家标准、行业标准、检测方法、技术规范等也纳入考虑。又如，在研究开发组织管理水平方面，新指引强调了对研发费用辅助账、内部科研机构、创新创业平台的设立，以及研发组织管理制度及科技人员培训、引进制度的设立。在企业成长性指标中，将旧指引规定的总资产增长率改为净资产增长率，即剔除了负债因素，以评价企业的成长性。
高新技术企业如何享受税收优惠？
根据新指引的规定，企业自认定当年起，持高新技术企业证书及其复印件，到主管税务机关办理相关手续，享受税收优惠，应注意以下事项：
过渡性安排
新指引于2016年1月1日起实施，对于2016年1月1日之前已经被认定的且仍在有效期内的高新技术企业，其资格仍然有效，仍继续享受企业所得税优惠。对于根据旧版认定办法和指引认定的高新技术企业，在2015年12月31日之前根据旧办法的规定已被取消高新技术企业资格的，按照旧办法，应在5年内不再受理该企业的认定申请。但是195号文对却此网开一面，上述不再受理认定申请的处罚执行期止于2015年12月31日。也就是说，对于按照旧办法被取消资格的企业，即使5年期限尚未到期，现在也可按照新的办法和指引重新申请，这无疑对上述企业是一个利好的消息。但需要注意的是，企业应根据新的办法及指引规定的条件，重新评估其是否符合高新技术企业的要求。
资格期满重新认定前的企业所得税缴纳
高新技术企业资格期满当年内，在通过重新认定前，其企业所得税暂按15%的税率预缴。但如果在年度汇算清缴之前未取得资格的，则按规定补缴税款。这可以理解为如果年度汇算清缴之前未取得证书，则需按25%的法定企业所得税税率缴纳当年全年企业所得税。文中未明确，如果企业在年度汇算清缴之后才获得证书，如果有效期涵盖当年度，是否应予退税。一般情况下，可以推断是可以退税的，但具体情况可能要看执行和有没有后续补充法规。
获得资格后的高新技术企业应履行哪些合规义务？
报送年度发展情况报表
企业应在其高新技术企业资格有效期内，每年5月底之前通过“高新技术企业认定管理工作网”，报送上一年度知识产权、科技人员、研发费用、经营收入等年度发展情况报表，如果企业累计两年未按规定时限报送年度发展情况报表的，可由认定机构取消其高新技术企业资格。
报告变化事项
涉及报告变化的事项包括：
高新技术企业名称变更
与认定条件有关的重大变化——如分立、合并、重组以及经营业务发生变化等
上述事项应在发生之日起三个月内向认定机构报告，未按时报告的，可由认定机构取消其高新技术企业资格。
什么情形下高新技术企业将被取消资格？
根据新办法，已认定的高新技术企业有下列行为之一的，由认定机构取消其高新技术企业资格：
（一）在申请认定过程中存在严重弄虚作假行为的；
（二）发生重大安全、重大质量事故或有严重环境违法行为的；
（三）未按期报告与认定条件有关重大变化情况，或累计两年未填报年度发展情况报表的。
新指引强调，发生上述行为将自行为发生之日起所属年度起取消资格，则意味着自行为发生之日所属年度均不得享受企业所得税优惠税率。
另外，有关部门在日常管理过程中发现其不符合认定条件的，应以书面形式提请认定机构复核，复核后不符合认定条件的，由认定机构取消其资格。税务机关将追缴其不符合认定条件年度起已享受的税收优惠。
根据指引，高新技术企业无论何种原因被取消资格，当年不得再次申请高新技术企业认定，也就是说，次年仍可以申请。这相对于旧办法中5年内不得再次申请的规定，是较为宽松的做法。
